На территории заповедника обитает 43 вида млекопитающих, среди которых один из наиболее характерных представителей — западнокавказский тур, или кавказский каменный козел. Особенностью этих животных являются большие саблевидные рога, достигающие у старых самцов 1 метра в длину и 30 сантиметров в обхвате у основания и удивительно тонкая приспособленность к существованию в горах. Тяжелые взрослые самцы, достигающие веса 150 килограммов, легко передвигаются по крутым скальным стенкам, уверенно и легко переходят каменные осыпи, ледники и снежники, перепрыгивая широкие трещины. Этому способствуют особенности строения их копыт, имеющих мягкие роговые подушки, которые при ходьбе или прыжке увеличивают трение между поверхностью скалы и копытами. В скалах тур почти недоступен для хищников: стадный образ жизни помогает им своевременно уйти от опасности в неприступные скалы и облегчает трудные переходы. Однако зимой во время передвижения по крутым заснеженным склонам туры часто гибнут в лавинах. Если этих зверей не беспокоит человек, они спускаются в пределы лесного пояса, где хорошо развита растительность. Чаще всего спускаются зимой.

Численность туров в заповеднике стабильна и колеблется от 1800 до 2500 голов. Другой представитель горных копытных — серна. Она, подобно туру, прекрасно передвигается по склонам, но больше, чем они, придерживается лесного пояса, хотя в летнее время на субальпийских и альпийских лугах не редка. Встречаются стада из нескольких десятков голов, чаще из 5— 10 животных. Численность серн в заповеднике небольшая — около 300 особей. Сравнительно немного на территории заповедника кавказских благородных оленей — около 50—60 голов. Основное их местообитание — долина реки Кизгыч. Причем, в зимнее время ввиду многоснежности этого района олени откочевывают в предгорья, где меньше снега. Весной, как только он стаивает и появляется травянистая растительность, олени возвращаются. Летом здесь происходит отел, осенью — гон. Таким образом, заповедный режим способствует сохранению ценных зверей — кавказских благородных оленей.

Обычный зверь в заповеднике — дикий кабан — обитатель хвойных и буковых лесов и густых криволесий. Численность в годы хорошего урожая буковых орешков увеличивается за счет особей, заходящих сюда с прилежащих территорий. В такие зимы звери не испытывают недостатка в кормах и выкапывают буковые орешки даже из-под глубокого снега. Но в неурожайные для бука годы в жизни кабанов, особенно в зимнее время, наступает тяжелый период: в промерзшей почве трудно добывать скудную пищу. От ее недостатка животные, особенно молодые, истощаются и в большом количестве гибнут.

Гордостью заповедника является зубр — наиболее крупный из диких зверей Европы. Зубры были почти полностью истреблены и после второй мировой войны сохранились лишь в зоологических садах и зоопарках. На Кавказе последний зубр был убит в 1927 году. После окончания второй мировой войны были приняты энергичные меры по восстановлению их численности и, когда она стала достаточно высока, зубров стали выпускать на волю в основном в заповедники. В Тебердинский заповедник, в долину реки Кизгыч в 1968 году завезли 14 голов этих уникальных животных. В настоящее время живет их потомство, которое родилось и выросло в естественных условиях, превратившись в настоящих диких зверей, достигнув численности 40—50 голов. Весьма интересно, что зубры, даже молодняк, успешно пережили очень суровую многоснежную зиму 1986— 1987 годов. Это свидетельствует о том, что со временем они смогут заселить и незаповедные территории. Зубры очень легко передвигаются, несмотря на кажущуюся массивность. Защита от хищников, в том числе от главного врага копытных — волка, достигается могуществом зверя. Снежная летопись однажды рассказала такую историю: к группе зубров подошла стая волков. Лесные исполины продолжали спокойно стоять на месте, а хищники вытоптали вокруг них кольцевую тропу, но, так и не решившись к ним приблизиться, ушли.

Среди хищников самый обычный и характерный для заповедника вид — бурый медведь. Здесь их максимальная численность 80—90 особей. Это сравнительно миролюбивый зверь, питается преимущественно растительной пищей, но ранней весной нередко разыскивает трупы туров, погибших в снежных лавинах, и поедает их. Для устройства берлог бурый медведь выбирает глухие и труднодоступные места: скальные участки с нагромождениями камней. Иногда сами выкапывают берлогу под корнями деревьев или каменной глыбой. В январе в берлоге медведица рождает 1—3, редко 4—5 медвежат, весом 1,5—3 килограмма.

Встречается сильный и ловкий хищник волк. В заповеднике живет их три семьи, 15—20 особей. Волки легко поднимаются на горные хребты и скалы, где подстерегают добычу и обычно легко настигают отстающих от стада животных: оленей, серн, туров. Питаются они также мышевидными грызунами, птицами и др. В небольшом числе в заповеднике обитают рыси, населяют его лесные и каменные куницы, барсук, выдра, дикий лесной кот, горностай и ласка. Самым многочисленным хищником является лисица. Много в заповеднике грызунов и мелких насекомоядных. В 1937 году на его территории были выпущены алтайские белки. Они быстро размножались и с 1939 года стали расселяться в соседние районы. В настоящее время белки заселили все леса Северного Кавказа и даже перешли через Главный Кавказский хребет в Абхазию, став промысловым зверьком.

Животный мир