Сложный высокогорный рельеф Тебердинского заповедника обусловил исключительное разнообразие природных условий и создал удивительное богатство растительного мира. Последнему способствовало также местоположение заповедника на стыке различных ботанико-географических округов между Западным и Центральным Кавказом. На сравнительно небольшой территории заповедника произрастает 1260 видов растений, из которых 235 эндемики Кавказа, а первоцвет почко-листный — эндемик Тебердинского заповедника, т. е. нигде, кроме его территории, не встречается. В состав флоры, помимо кавказских видов, входят представители северной, лесной и арктической флоры, реликты третичного периода, средиземноморские, переднеазиатские, степные и даже пустынные элементы. Нижнюю часть горных склонов (лесной пояс) покрывают леса, площадь которых составляет 32,4 процента территории заповедника. Основными лесообразующими породами являются сосна крючковатая, береза Литвинова, пихта кавказская, ель восточная и бук восточный. Реже встречаются лесные массивы, в которых преобладают осина, ольха, рябина.

Сосновые леса сосредоточены преимущественно в северной части заповедника, где климат отличается большей сухостью и континентальностью. Сосна в основном занимает теплые южные склоны и взбирается вверх по скалам до 2650 метров над уровнем моря, достигая климатического предела распространения древесной растительности в заповеднике. Из травянистых растений в сосновых лесах преобладают злаки, встречаются купена, ландыш, пионы, водосбор, чина розовая, под пологом старых сосен обычны мхи и заросли брусники.

Ближе к Главному Кавказскому хребту, там, где более влажный климат, сосновые леса уступают место темнохвойным, основу которых составляют пихта кавказская и ель восточная. Эти леса имеют сложную структуру. Под пологом основного яруса из хвойных пород, высота которого достигает 60 и более метров, формируется 2-й ярус из лиственного древостоя и подроста темнохвойных пород последующих поколений. Ниже 2-го яруса формируется подлесок из различных кустарников. В подлеске пихтово-елового леса обычен тис — реликтовое дерево. Он не встречается большими скоплениями и не образует самостоятельных насаждений.

Подлинным богатством заповедника являются долинные буковые леса с примесью ели, пихты, березы, клена, рябины, с пестрым подлеском и буйным покровом из папоротников. В северной части заповедника в лиственных лесах обычны дикие плодовые: яблоня, груша, алыча, черешня, терн. В пойме реки Теберды и ее притоков значительные площади занимают сероольшанники, реже черноольшанники.

Очень своеобразна верхняя граница леса. Здесь угнетенные сосны или буково-березовые криволесья чередуются с луговыми участками. В подлеске обычна кавказская черника, представитель третичной флоры. Выше криволесий, в пределах от 2000—2200 до 2500 метров над уровнем моря, располагается область субальпийских высокотравкых лугов. Здесь обычны заросли рододендрона кавказского, но нередко рододендрон составляет обильный подлесок и среди криволесий. Из других типов кустарниковой растительности встречаются заросли рододендрона желтого и можжевельника приземистого. Заросли субальпийских кустарников являются связующим звеном между лесом и субальпийскими лугами. Кроме обильных и распространенных злаков на субальпийских лугах из разнотравья обычны первоцвет, незабудка, ветреница, копеечник, буквица, скабиоза, прострел; очень много растений с яркими цветами, образующими сказочно красивые разноцветные ковры.

К середине лета субальпийские луга особенно красочны и быстро меняют свой тон: то розовые — от массового цветения горца, то лилово-фиолетовые — от цветущей буквицы, то оранжевые — от зонтиков володушки. Субальпийские высокотравные луга с высотой постепенно переходят в низкотравные альпийские. Верхняя граница альпийской растительности лежит на высоте 2800—2900 метров, на южных склонах достигает 3000—3200 метров. Альпийские луга образованы плотнодернистыми злаками и горными осоками, характерны колокольчиковые и лютиковые ковры, приснежные луговины. А в наиболее суровых условиях высокогорья развиты гераниевые, кобрезиевые, ивняковые и лишайниковые пустоши.

Характерной особенностью альпийских лугов является необычная яркость. Аспекты красочны и последовательны: хорошо выраженный золотисто-желтый аспект ветреницы удерживается до конца июня; синий фон за счет синего колокольчика преобладает до конца июля; в начале июля синеву сменяют интенсивно голубой цвет незабудочника; на влажных лугах к середине лета — весьма ярок лиловый аспект копеечника. В конце лета многие альпийские луга выглядят лилово-синими от цветущей скабиозы. Верхний предел распространения растительности — скалы. Наиболее типичны здесь манжетка, фиалка, колокольчик, крупки, лапчатки, молодило, камнеломки, овсяница. Все скальные растения растут и размножаются медленно, еще медленнее идет расселение растений на высоте 3000— 3200 метров. Еще выше, на вершинах и гребнях хребтов, почва и высшие растения отсутствуют. Из растительных организмов встречаются только водоросли, придающие снегу красную окраску, а на скалах — тонкие корочки лишайников.

Из флоры Тебердинского заповедника в Красную книгу СССР и РСФСР включены 24 вида растений. Среди них шафран долинный, беэвременник великолепный, пыльцеголовники длиннолистный и красный, пионы кавказский и Витмана, первоцвет почколистный, надпородник безлистный, лилия Кессельринга, ковыли красивейший и беристый, овсяница Сомье, ятрышник шлемоносный. Из древесных и кустарниковых пород — тис ягодный, бересклет карликовый. Почти все редкие растения декоративны.

Растительный мир